当サイトでは主に「カラーミーショップ」をメインとしていますが、他サービスと比較した場合、どのような差があるのかを検証してみました。ショッピングカートのサービスについてどこを使うかの参考にしてみてください。
(あくまで当サイトはカラーミーショップをお勧めしており、それに合わせたコンテンツ構成となっています。)

カラーミーショップの場合

月額料金:900円~(最短契約で3ヶ月払い。1年契約の場合で月額が900円になります)
基本仕様:
・ショッピングカートシステム
・ショッピングモール「カラメル」への参加(無料+任意)
・メールマガジン発行システム
・各種WEB決済代行システムの運用(要・クロネコペイメント契約)
・ショップブログ
・モバイルサイト構築
・請求書・納品書などの簡易作成

追加機能

・FTP機能(月額540円)
・アクセス解析(月額540円)
・イプシロンなどの決済代行サービス(月額費用アリ)
・ギガプラン(1年一括払い月額3150円)(プラン体型が変更されました)
・エコノミープラン(月額900円〜)
・レギュラープラン(月額3240円〜)
・ラージプラン(月額7800円〜)

カラーミーショップのメリット

・とにかくローコストでショップ運営が可能
・金額の割に出来ることが異常なほど多く、月商100万円も余裕で目指せる使いやすさ
・ショッピングモールに参加することもでき、集客体制もある
・無料決済代行サービスなどと併用することでコストパフォーマンスを最大限に活かすことが出来る。

カラーミーショップのデメリット

・サーバーのメンテナンスが多く、5万以上のアクセスの収容が難しい
・本来無料で使えるはずのPayPalがなぜかイプシロンサービス経由
一部ヘッダー部分が触れない2012年11月21日より、一部編集が可能になりました!
・ショッピングモールに参加すると強制的にショップ最上部にバナーがついてくる

まとめ
コストの割には全体的にバランスの取れたサービスで、利用は20万店舗以上と言う巨大サービスのひとつです。
サーバーが弱い、大事なところで別料金などのデメリットもありますが、それを覆い隠すには十分なレベルの質の高さを持っているので、特に販売商品に制限など(カラーミーショップではペットなどの生体類の取り扱いができません)が無い場合はかなり使えるサービスです。

おちゃのこネットの場合

月額料金:サブドメインプラン(月額500円)独自ドメインプラン(月額2000円)年一括払い
基本仕様:
・ショッピングカートシステム
・メールマガジン発行システム
・クロネコヤマトのWEB決済代行システムの運用(要・クロネコペイメント契約)
・PayPalの運用(要・PayPalアカウント)

おちゃのこネットのメリット

・特にHTMLの知識が無くてもかなりハイセンスなショップを構築できる
・受注確認メールなどの送信が使いやすく、要らぬ混乱を軽減できる
・売上状況の管理が分かりやすい
・ペット類などの生体販売も可能

おちゃのこネットのデメリット

・全体的なページのHTML編集ができないので、HTMLに慣れている人的にはちょっとクセがある。
・独自ドメインプランになると金額がカラーミーショップに比べてかなり高くなるが、サーバーの質的には大きな差がない。
・5000商品まで登録可能と言う制限があるため、それを超える商品は扱えない。
・稀にショップ表示が急激に重くなることがある
・メールのスパムブロックが弱く、日々スパムメールに泣かされることになりやすい
・独自のアクセス解析を持っていないので、自分で調達する必要がある
・モバイルショップ構築は別料金(月額500円~1000円)

まとめ
全体的に「使いやすさ」「運営のしやすさ」をメインにしたサービスで、HTMLなどに詳しい人にとってはちょっと物足りない感じはするかもしれませんが、主にネットショップ初心者の方には心強いサービスです。
ただ、独自ドメインプランやモバイルショップも入れると料金が一気に上がってしまうので、サービスの質的には値段相応かもしれません。

ショップサーブ の場合

月額料金:4800円~(プランにより変動、最大99800円)
基本仕様:
・ショッピングカートシステム
・独自ドメイン取得
・FTP機能
・クレジットカード・コンビニ払い・電子決済代行
・Yahoo!などの大手ショッピングモールへ無料広告出稿
・ショップブログ
・メールマガジン発行システム
・Googleアクセス解析
・ショップブログ
・モバイルサイト

ショップサーブ のメリット

・とにかく「売れる」ショッピングサイト構築の動線が強い
・月額料金は若干高めだが、全体のサービスを考えると非常に安価なレベル
・月商1000万クラスの店も多く、ノウハウが豊富に提供されている
・クレジットカード決済代行などの大手ショップ必需品が初期装備としてついている
・サーバー自体も非常に安定しており、10万アクセス以上でもなんなく収容できる安心設計

ショップサーブ

・良くも悪くも「法人企業向き」な点が多く、個人事業的にはコストパフォーマンスが悪く感じられる
・月額4800円から運営が可能だが、一部で販売手数料がかかる
・使う機能と使わない機能が極端

まとめ
資金が潤沢で大きなビジネスを展開する場合は文句無くお勧めできますが、個人事業などにはあまり向いていないかもしれません。
月額4800円には見合わないほど良質のサービスではありますが、使わない機能もその分あり、販売手数料も取られてしまうため、月商17万円以上になると上位プラン(販売手数料なし)を余儀なくされる場合もあります。
17万円であればカラーミーショップでも十分可能な数字のため、いきなりショップサーブを使うよりも「乗り換え」の候補として持っておくのも方法のひとつだと思われます。

メイクショップ の場合

月額費用:0円・3150円・10500円
基本仕様:(プレミアムプランの場合)
・ショッピングカートシステム
・ショッピングモール「アイテムポスト」「iモード検索」への参加(無料+任意)
・メールマガジン発行システム
・クロネコヤマトのWEB決済代行システムの運用(要・クロネコペイメント契約)
・ショップブログ
・モバイルサイト構築
・FTP機能
・アクセス解析

追加機能

・イプシロン・GMOペイメントゲートウェイなどの決済代行サービス(月額費用アリ)

メイクショップ のメリット

・金額上限が10500円で大規模のショップを構築することが出来る
・毎月8件の新機能が搭載され、ユーザーのリクエストが通りやすい
・動画編集ができる
・サーバーが安定しており、大量アクセスでも問題なし
・サポート体制も強く、いざと言うときに相談しやすい
・集客の動線がしっかりしている上にSEO対策も専用の管理がついている

メイクショップ のデメリット

・良くも悪くも簡単に言えば「高機能なカラーミーショップ」
・サービス内容がカラーミーショップと大差が無い
・プランによってできることの差がかなり大きい
・決済代行サービスが一部有料

まとめ
良く言えば「カラーミーショップの上位版」、悪く言えば「サーバーの質がいいだけでカラーミーショップと変わらない」と言う印象が強くありますが、大手企業も多数参加しており、ベストECショップ受賞ショップも多数輩出している優良サービスのひとつです。
ある意味最もショップが成功しやすいサービスかもしれません。
プランの上限金額が10500円と言う事もあり、大規模ショップを作る際は敷居が低いですが、0円からスタートできるフリープランや3150円のビジネスプランの場合はカラーミーショップの方が出来ることがある場合もあり、比較するとすれば10500円のプレミアムプランのみカラーミーショップより上位と言った位置づけになります。
こちらもショップサーブと同じく「乗り換え」の候補として考えておくといいかもしれません。